Viloyat hokimi quyidagi komissiya va Kengashlarga raislik qiladi:

• odam savdosiga qarshi kurashish boʻyicha viloyat idoralararo komissiyasi (PDF 148 kb);

• narkotik moddalarni nazorat qilish mintaqaviy komissiyasi (PDF 364 kb);

• toshqin suvlari va sel oqimlarini xavf-xatarsiz oʻtkazib yuborishni taʼminlash, qor koʻchishi va yer koʻchkisi hodisalari xavfini kamaytirish boʻyicha viloyat hududiy komissiyasi (PDF 200 kb);

• Farg'ona viloyati hokimligi boshqaruv apparatining vakant lavozimlariga ochiq tanlov oʻtkazish boʻyicha doimiy faoliyat koʻrsatuvchi komissiyasi (PDF 120 kb);

• viloyat “Maʼnaviyat va maʼrifat” Kengashi;

• kichik va xususiy tadbirkorlikni ragʻbatlantirish boʻyicha viloyat muvofiqlashtiruvchi kengashi;

• qonunchilik hujjatlariga muvofiq tashkil etiladigan boshqa hududiy komissiyalar va kengashlar.