Экспозиция музея состоит из 8 разделов, которые включают колонизацию территории Царской Россией, борьбу местного населения за свободу (1868–1900 гг.), движение национального возрождения (1901–1917 гг.), ликвидацию Туркестанской автономии и установление региональной большевистской власти (1917–1929 гг.), жертв репрессий советского периода (1929–1936 гг.), «Великие резни» 1937-1938 годов,политические репрессии 1940–1950-х годов, репрессии «Хлопкового дела» 1980-х годов, восстановление исторической справедливости в годы независимости, увековечивание памяти жертв репрессий, исторические шаги на пути сохранения и развития национальных ценностей.