Отдел методической поддержки функционирует в качестве методического центра системы государственной экологической экспертизы. Основная цель отдела — организация процессов экологической экспертизы в соответствии с требованиями национального законодательства и международных стандартов, а также обеспечение единообразного и качественного применения методических документов:

• обеспечивает методическую поддержку проведения государственной экологической экспертизы;
• участвует в разработке проектов законов, указов и постановлений Президента Республики Узбекистан, постановлений и распоряжений Кабинета Министров, относящихся к сфере деятельности;
• изучает республиканские и международные стандарты, а также методические руководства и принимает меры по внедрению необходимых из них в национальную практику;
• разрабатывает проекты межведомственных руководящих документов, методических рекомендаций и материалов по вопросам оценки воздействия на окружающую среду и государственной экологической экспертизы;
• изучает и внедряет передовой зарубежный опыт в данной сфере;
• осуществляет мониторинг применения нормативно-правовых актов, стандартов, руководящих документов, технических регламентов и методических пособий, используемых экспертами центра и его территориальных филиалов;
• проводит инвентаризацию нормативов и стандартов, направленных на оценку воздействия хозяйственной деятельности на окружающую природную среду, обеспечение экологической безопасности населения, охрану и восстановление природных ресурсов;
• выявляет направления в области экологической экспертизы, которые не урегулированы в техническом плане, и принимает меры по их устранению;
• обеспечивает размещение действующих нормативно-правовых актов на веб-сайте центра и оказывает методическую помощь специалистам проектных организаций по их применению;принимает участие в мероприятиях и общественных обсуждениях, связанных с вопросами государственной экологической экспертизы;
• оказывает необходимую методическую помощь структурным подразделениям и территориальным филиалам по вопросам экологической экспертизы.