Quyidagilar Oliy ta’lim, fan va innovatsiyalar vazirligi faoliyatining ustuvor yo‘nalishlari hisoblanadi:

- oliy ta’lim, oliy ta’limdan keyingi ta’lim, ilm-fan va innovatsion faoliyat, o‘rta maxsus, professional ta’lim sohalarida yagona davlat siyosatini amalga oshirish, shuningdek, sohalarni strategik rivojlantirish yo‘nalishlarini belgilash;

- o‘rta maxsus, professional, oliy ta’lim va oliy ta’limdan keyingi ta’lim xizmatlarini ko‘rsatish sohasidagi faoliyatni litsenziyalash, shuningdek, kadrlar malakasini oshirish va ularni qayta tayyorlash faoliyatini tartibga solish;

- xalqaro mezonlar asosida o‘rta maxsus, professional va oliy ta’lim tashkilotlarida ta’lim sifatini ta’minlash, o‘quv jarayonini tashkil etish me’yorlarini belgilash hamda ta’lim tashkilotlarining boshqaruv va pedagog kadrlarining kasbiy ko‘nikmalarini rivojlantirish;

- o‘rta maxsus, professional va oliy ta’limning ma’naviy-axloqiy mazmunini kuchaytirish, yoshlarni mustaqillik g‘oyalariga sadoqat, milliy qadriyatlarga hurmat, insonparvarlik va yuksak ma’naviy g‘oyalar asosida vatanparvarlik ruhida tarbiyalash;

-ilmiy-tadqiqot ishlari samaradorligini oshirish, davlat ilmiy va innovatsion dasturlari ijrosini muvofiqlashtirish, shuningdek, ta’lim, ilm-fan va ishlab chiqarish o‘rtasida integratsiyani ta’minlash;

-o‘rta maxsus, professional, oliy ta’lim, oliy ta’limdan keyingi ta’lim, fan va innovatsiyalar sohasida qo‘shma ta’lim va ilmiy dasturlarni amalga oshirish bo‘yicha xalqaro aloqalarni rivojlantirish;

-ilm-fan va texnologiyalarni rivojlantirishning ustuvor yo‘nalishlari asosida davlat ilmiy dasturlarini shakllantirish, ilmiy darajali kadrlarni tayyorlash tizimini muvofiqlashtirish;

-ta’lim, ilm-fan va ishlab chiqarish integratsiyasini mustahkamlash, yangi ishlanmalarni tijoratlashtirish, ratsionalizatorlik faoliyati va startap ekotizimini rivojlantirish.