Музей-заповедник «Сармишсой» основан на основании постановления Кабинета Министров Республики Узбекистан от 30 мая 2019 года «Об организации деятельности государственных музей-заповедников «Сармишсой», «Шаҳрисабз», «Термиз» и «Куканд». Согласно соответствующему постановлению хокима Навбахорского района Навоийской области от 14 июля 2009 года территория площадью 5000 гектаров отведена районным кадастром под музей-заповедник.

Согласно постановлению Кабинета Министров Республики Узбекистан от 16 марта 2019 года «Об утверждении Положения о порядке деятельности осуществления участков недр для добычи драгоценных металлов», в 2019 году для добычи драгоценных металлов с территории  государственного музея «Сармишсой» была выделена земля золотоискателям и проведены раскопки.

Согласно приложению 11 постановления Кабинета Министров от 3 марта 2021 года «О мерах по усилению охраны объектов нематериального культурного наследия и территорий, внесенных в список Всемирного наследия ЮНЕСКО», границы охраняемых территорий этого музея были отмечены повторно.

В настоящее время случаев выделения земельных участков физическим и юридическим лицам в целях добычи золота на территории государственного музея-заповедника «Сармишсой» не зарегистрировано.