Қуйидагилар Олий таълим, фан ва инновациялар вазирлиги фаолиятининг устувор йўналишлари ҳисобланади:

- олий таълим, олий таълимдан кейинги таълим, илм-фан ва инновацион фаолият, ўрта махсус, профессионал таълим соҳаларида ягона давлат сиёсатини амалга ошириш, шунингдек, соҳаларни стратегик ривожлантириш йўналишларини белгилаш;

- ўрта махсус, профессионал, олий таълим ва олий таълимдан кейинги таълим хизматларини кўрсатиш соҳасидаги фаолиятни лицензиялаш, шунингдек, кадрлар малакасини ошириш ва уларни қайта тайёрлаш фаолиятини тартибга солиш;

- халқаро мезонлар асосида ўрта махсус, профессионал ва олий таълим ташкилотларида таълим сифатини таъминлаш, ўқув жараёнини ташкил этиш меъёрларини белгилаш ҳамда таълим ташкилотларининг бошқарув ва педагог кадрларининг касбий кўникмаларини ривожлантириш;

- ўрта махсус, профессионал ва олий таълимнинг маънавий-ахлоқий мазмунини кучайтириш, ёшларни мустақиллик ғояларига садоқат, миллий қадриятларга ҳурмат, инсонпарварлик ва юксак маънавий ғоялар асосида ватанпарварлик руҳида тарбиялаш;

-илмий-тадқиқот ишлари самарадорлигини ошириш, давлат илмий ва инновацион дастурлари ижросини мувофиқлаштириш, шунингдек, таълим, илм-фан ва ишлаб чиқариш ўртасида интеграцияни таъминлаш;

-ўрта махсус, профессионал, олий таълим, олий таълимдан кейинги таълим, фан ва инновациялар соҳасида қўшма таълим ва илмий дастурларни амалга ошириш бўйича халқаро алоқаларни ривожлантириш;

-илм-фан ва технологияларни ривожлантиришнинг устувор йўналишлари асосида давлат илмий дастурларини шакллантириш, илмий даражали кадрларни тайёрлаш тизимини мувофиқлаштириш;

-таълим, илм-фан ва ишлаб чиқариш интеграциясини мустаҳкамлаш, янги ишланмаларни тижоратлаштириш, рационализаторлик фаолияти ва стартап экотизимини ривожлантириш.