Вилоят ҳокими қуйидаги комиссия ва Кенгашларга раислик қилади:

• одам савдосига қарши курашиш бўйича вилоят идоралараро комиссияси (PDF 148 kb);

• наркотик моддаларни назорат қилиш минтақавий комиссияси (PDF 364 kb);

• тошқин сувлари ва сел оқимларини хавф-хатарсиз ўтказиб юборишни таъминлаш, қор кўчиши ва ер кўчкиси ҳолатлари хавфини камайтириш бўйича вилоят ҳудудий комиссияси (PDF 200 kb);

• Фарғона вилояти ҳокимлиги бошқарув аппаратининг вакант лавозимларига очиқ танлов ўтказиш бўйича доимий фаолият кўрсатаётган комиссия (PDF 120 kb);

• вилоят “Маънавият ва маърифат” Кенгаши;

• кичик ва хусусий тадбиркорликни рағбатлантириш бўйича вилоят мувофиқлаштирувчи кенгаши;

• қонунчилик ҳужжатларига мувофиқ ташкил этиладиган бошқа ҳудудий комиссиялар ва кенгашлар.