В соответствии с постановлением Кабинета Министров при Президенте Узбекской ССР от 14 января 1991 г. № 9 было организовано Узбекское республиканское отделения Пенсионного фонда СССР.

В целях реализации государственных гарантий в системе социального обеспечения и повышения контроля за правильным и эффективным расходованием средств социального страхования согласно постановлению Кабинета Министров и Совет Федерации профсоюзов Республики Узбекистана от 4 августа 1993 г. № 391 на базе Узбекского республиканского отделения Пенсионного фонда бывшего СССР образован Фонд социального страхования при Кабинете Министров Республики Узбекистан, передав ему из системы Совета Федерации профсоюзов Узбекистана средства государственного социального страхования, направляемые на выплату пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, при рождении ребенка и на погребение.

В целях дальнейшего совершенствования системы социальной защиты населения, повышения ответственности органов социального обеспечения за полноту поступления обязательных взносов для пенсионного обеспечения и своевременное финансирование расходов на выплату пенсий и пособий по государственному социальному страхованию в соответствии с постановлением Кабинет Министров Республики Узбекистан от 27 декабря 1996 г. № 459 на базе Фонда социального страхования при Кабинете Министров Республики Узбекистан образован Пенсионный фонд при Министерстве социального обеспечения Республики Узбекистан с соответствующими территориальными отделениями и отделами при Министерстве социального обеспечения Республики Каракалпакстан и местных органах социального обеспечения.

В целях совершенствования структуры управления в системе пенсионного обеспечения и повышения эффективности использования средств, направляемых на выплату пенсий и пособий согласно постановлению Кабинета Министров Республики Узбекистан от 15 ноября 2000 г. № 444 Пенсионный фонд при Министерстве социального обеспечения Республики Узбекистан с 1 января 2001 года преобразован во внебюджетный Пенсионный фонд Республики Узбекистан. При этом обеспечение своевременного начисления и выплат пенсий, а также пособий и финансирование расходов на выплату пенсий, пособий по государственному социальному страхованию было возложено на Министерство труда и социальной защиты населения Республики Узбекистан.

Согласно решению Правительства Республики Узбекистан от 21.10.2004 г. № 490 с 1 января 2005 года внебюджетный Пенсионный фонд Республики Узбекистан преобразован во внебюджетный Пенсионный фонд при Министерстве финансов Республики Узбекистан.

В соответствии с Законом Республики Узбекистан «О государственном пенсионном обеспечении граждан» и в целях дальнейшего совершенствования организационной структуры системы пенсионного обеспечения, своевременного финансирования и осуществления в полном объеме выплат пенсий и социальных пособий из внебюджетного Пенсионного фонда при Министерстве финансов Республики Узбекистан, а также усиления контроля за целевым использованием средств, направляемых на пенсионное обеспечение граждан республики, Указом Президента Республики Узбекистан от 30 декабря 2009 года №УП-4161.

С 1 января 2010 года назначение, финансирование, учет и мониторинг выплаты пенсий, а также социальных пособий, компенсационных и других выплат осуществляются соответствующими территориальными подразделениями Пенсионного фонда. При этом территориальные подразделения внебюджетного Пенсионного фонда при Министерстве финансов Республики Узбекистан образовались за счет передачи функций и соответствующих структур, входящих в систему Министерства труда и социальной защиты населения, ответственных за весь комплекс вопросов пенсионного обеспечения и врачебно-трудовой экспертизы граждан.